Por primera vez en la historia de la Cofradía, el Cristo Yacente fue el protagonista de la celebración del miércoles de ceniza de 2006 que organiza tradicionalmente la Agrupación de Cofradías. La idea surgíó en una reunión de la Junta de Gobierno y tuvo el beneplácito y apoyo de la Agrupación de Cofradías. Para dicho acto se adquirió una parihuela con capacidad para unos veinte miembros. No fue posible cubrir las plazas de costaleros por cofrades por lo que hubo que pedir ayuda a otras Hermandades.
Así pues la imagen, portada a hombros por dieciséis costaleros en una sencilla parihuela, salió de San Ildefonso a las 19 horas para llegar una hora más tarde al templo catedralicio. Tras la celebración de la Palabra e imposición de la ceniza, se produjo un via crucis al tiempo que se regresaba a su sede. La última estación fue realizada por el señor obispo quien quedó gratamente sorprendido por el comportamiento mostrado por los cofrades, dando las gracias a todos los asistentes al finalizar el acto.
En el comienzo de la calle Pescadería, aprovechando una de las necesarias paradas habidas en el traslado del Cristo a la Catedral, una persona ya anciana posaba delante del Cristo, era su autor don Constantino Unguetti, quien posiblemente tuvo el gesto de venir de Málaga, donde reside desde hace ya unos años. En compañía de su hija, la restauradora Mª Paz Unguetti, Don Constantino recorrió las calles como un devoto más y asistió a la celebración en la Catedral soportando una gélida noche.
Antonio Manuel Cruz Cobo realizó un cartel conmemorativo que fue presentado en la casa de hermandad de la Vera Cruz, el 17 de marzo de 2006.
Francisco José Latorre Díaz, por entonces Administrador de la Cofradía es el propietario de la obra. «Está elaborado en Papel Basik pegado a tabla, utilizando acrílicos, acuarelas y grafito. En la pintura se destacan las señales de la flagelación, la tonalidad morada de algunas zonas del cuerpo de Cristo, los pliegues de la sábana o el paño de pureza. Los colores predominantes del cartel son el morado y el negro. María, enlutada, contempla desolada el cuerpo inerte de su Hijo tendido sobre una sábana. Todo rezuma luto y tristeza».
El 23 de marzo el pregón “Soledad” fue disertado por Juan Carlos López Eisman, hijo del gobernador López Aguilar, quien en un interesante discurso aludió a la historia de la Hermandad y vivencias familiares en la misma. Abrió el acto la gobernadora, correspondiendo la presentación del orador a Francisco José Latorre Díaz, pregonero de la edición anterior.
La Semana Santa de 2006 había transcurrido muy lucida en lo meteorológico. Sin embargo, el Viernes Santo por la tarde, cuando la procesión despuntaba por la calle Virgen de la Capilla, comenzó a levantarse un fuerte viento. La gobernadora mandó que la procesión regresara rápidamente a San Ildefonso. Así lo hizo aunque no se pudo evitar la lluvia.
El 15 de septiembre de 2006 se realizó una celebración eucarística y posterior procesión extraordinaria para conmemorar, en el día de la Transfixión de Nuestra Señora, el 450 aniversario de la fundación de la cofradía. Fue una procesión distinta, más cercana a la cofradías de gloria, con una música algo más jubilosa; llevando una cadencia en el paso del trono más viva; sin traje de estatutos; sólo con una imagen, la Soledad, la que le da título a la cofradía, por la que se la conoce y la que ha constituido la piedra angular, la esencia, desde el momento en se fundó hasta nuestros días.